GPUに一定以上の負荷がかかると、1フレーム内での処理が間に合わず、CPUがウエイト状態、いわゆる処理落ち状態になって、描画更新カウンターのMAINCNTの進みが遅れ、結果としてベンチマークの結果が良くなったように見える、という事でしょうか? サウンド関連は別スレッド、あるいはGPUとは非同期のタイマで進んじゃうとかかしら… MILLISECONDで計測するとどうでしょうね…?