バージョンの付け方は作者の勝手ですよ。 TeXと言うソフトはバージョン3以降は3.1、3.14、3.141、3.1415、…と言うように円周率に沿って増えていきます。 またWIKIPEDIAによるとTeXで利用するフォント作成のMETAFONTというソフトを作っていてそれはネイピア数に沿ってバージョン表記が増えていくそうです。