PCでバックアップ→本体から削除してプチコン起動→完全初期状態 バックアップデータを3DSに持ってきてプチコン起動→例の画面 という結果になりました。しかしデータのバックアップ作業中にSDカードの空き容量を見ていたところ気になる点がありました。 元々87000ブロック程だったのですが、PCに移行すると90000ブロック、PC→3DSに戻すと87000近くに戻ったので、一部のデータの破損のせいなのかもしれません。