一度にそれだけのデータが壊れたとすると、プチコンの暴走よりも(OSごと暴走しない限り、他のソフトのデータにはアクセスできないと思うので)、SD自体(もしくは本体との接続)の不具合の可能性が高そうな気がしますね。
SDを入れ替えたと言うのは気になりますね。確かに相性問題が発生する場合もありますし、初期不良も可能性はなくはないと思いますし。
後は、オワたずさんもおっしゃるように、接触のせいで、予期しない書き換えが発生したとか…
表示が?になるという事は、書き変わった場所によって、データの整合性が取れなくて、そのままでは使えないと判断されているんだと思います。
プチコン以外のデータもとなると、任天堂のサポートに頼るのも一つの手かもしれません。ただ、データ復旧となると、あまり期待できないかもですけど><;
4そうだね プレイ済み