プチコンも他のゲームと同じ様な3DS上で動くソフトの一つなので、他のゲームでもセーブしていないと途中まで遊んだ結果が全部リセットされるのと同じ理屈ですよ。 んで、3DSにはパソコンみたく複数のソフトを同時に立ち上げて行ったり来たりする機能は無いので（Miiverseとかは別扱いですけど）、新しいソフトを立ち上げると前に使っていたソフトは終了しちゃいます。 いい機会なので、プチコン上でソフトを幾つも立ち上げれる仮想環境を作って、その場合何がネックになるのか試してみたらいいんじゃないです？ いわゆるOSもどきってやつですけど。