仕様じゃないですかね。 PROJECT命令で変更するカレントプロジェクト（作業用プロジェクト）は作品を見る、でチェックマークが付くカレントプロジェクト（起動時のカレントプロジェクト）ではなく、プログラムを実行していない状態のカレントプロジェクト（非実行時のカレントプロジェクト）です。つまり、PROJECT命令は起動時のカレントプロジェクトと別のプロジェクトからファイルの読み書きをする命令です。（恐らくSYSからのロード等を考慮した命令？）