3DSのSELECTボタンは基本的にDS用ソフトやバーチャルコンソールでの互換性のために用意されているもので3DS用ソフトではSELECTボタンはSTARTボタンと同じ働きをするようになっているみたいです。 そのため今後のバージョンアップでSELECTボタンにmkIIまでのような停止を割り当てたり他の機能を割り当てたりするのは無理でしょうね。