Hanzoさんの御指摘通りの原因だと思いますけど、そういう場合はまず周りを全く重ならない色（※）で四角く囲んで、その色で塗りつぶします！ そして、それを透明色で塗りつぶすようにすると、きれいに塗り変えられます♪ ※全く重ならない色というのは、そのSPで使っていない色という意味です！使っている色で塗りつぶすと、透明色に変えた時にその部分まで透明になってしまうからです。