プログラムを公開してもらうのが一番手っ取り早いですが、ちょっと気になったのは、ちゃんとBGSCREEN命令であらかじめBGサイズを変更していますか？ デフォルトだと画面サイズのBGサイズしかないはずで、マップツールは64×64のサイズがあるはずなのでBGSCREEN命令でそのサイズまで拡張してから読み込まないとデータの大きさと合わないのでおかしくなっちゃうと思います。