どうやら僕の推測は正しいかもしれません…。 縮小表示させている時に、BGキャラを消すと消した分だけ右の領域が増えていきます。 ということは、BGで表示させられるマップキャラ数は決まっていて、それ以上になると表示されないという仕様で、縮小させて表示させると通常表示よりも画面内に表示されるマップキャラ数が増えてしまうために不具合が発生しているような気がします。 とはいえ推測で勘違いもあるかもしれないので間違っていたら指摘してください!! ……ということで、僕のマップエディタからは縮小表示機能は無くした方が良さそうという結論が出そう…