これもループ変数ですか？

Sはループ変数だと思いますが、 6,7行目はループ内に入れる必要はないですね

だにえるさんの補足で DATA 9,3 を下部(10行目)に定義しておいて ループ内6～7行目を以下に置き換えてみましょう。 READ A[S] DATAの使い方が、少しは見えると思います。