＠SUB(サブルーチン） IF A==1 THEN SPSET 0,0:A=0 IF A==0 THEN SPOFS 0,X,Y RETURN エラーになりますか？

先にA==0でこのサブルーチンに入ると、エラーになりますね。まずA==1で入って抜けて、次にA==0で入るなら大丈夫かと。 と言うか、エラーが出ても3DSが壊れたりはしないので、質問する前に試したほうがいいですよ。