CLS命令を行うとコンソール画面以外も一緒に消えちゃう事があるんだけど、どういうことか知ってる人はいないだろうか

それは絶対に有り得ません(^^;) その後の処理でそのように見えるだけです。

そういえば僕が遭遇したのは、背景色を黒にしてCLSをしたら背景が黒になるので、優先度が後ろのスプライトやBGなどが全部隠れて表示されなくなって消えちゃったかと思ったことはありました。（実際は消えてないけど）

»でんべんs なるほど！文字の背景色が黒だとコンソール画面が全部黒になるのか………ﾒﾓﾒﾓ。 コメントありがとうございます

他の画面初期化系の命令のACLASやGCLASとスペルが似てるから単なるスペルミスなのでは？ ダイレクトモードで十字キーの上下で実行コマンドの履歴が見れるので、意図と違う結果になった時などは確認してみるといいですよ。